PHPの相対パスの謎

相対パスを書くときは、起動ファイルからの相対パスを
書かなくてはならないのは知っているが、
自分で作ったプログラム上で
includeされているファイルからの相対パスを書いてしまっていた。

不思議なのは、Linodeではそれで動作していたということだ。

それがさくらで通用せずにエラーが起きている。
LinodeではMantisが動作していたが
そのままさくらに移動するとエラーになり、相対パスでエラーになっている。
Zabbixもダウンロードしたままでは動かない。

MantisやZabbixの作者も同じような環境で開発していたのだろうか?

相対パスの扱いを変えるような設定も見当たらないし…。

PHPのバージョンも両方とも同じ5.3.2で、
コマンドラインから直接実行すると普通に動作することも解せない。
Webから実行した時だけ発生するということは、Apacheの問題?