diffツールをいろいろ調べてみた。
メモしてみる。

WinMerge、xdocdiff、DF、Rekisa、Meld
をめも。

俺的にはWinMergeオススメ。
WinMerge 日本語版
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/8165/winmerge.html

ファイルの比較ができてマージもできる、WinDiffを使い易くしたようなソフトWinMergeの日本語版
GUIな CVS, Subversionクライアントのお供にでもどうぞ。

DFはdiffはできてもファイルの編集はできないが、
これは編集もできる。
その上、３つのファイル比較も可能。便利。
さらに、インストール不要なのでUSBメモリに入れて持ち歩ける！

xdocdiff
http://freemind.s57.xrea.com/xdocdiff/
TortoiseSVNでWord, Excel, PowerPoint, pdfのdiffを見れるようにするツール

DF
http://www.vector.co.jp/soft/dl/win95/util/se113286.html
ファイルやフォルダを比較し、わかりやすく並列表示

Rekisa
http://hp.vector.co.jp/authors/VA017396/software/Rekisa/
* 一度に三つ以上のファイルを比較できる。
* 左右のカーソルが連動するので、対応する部分を見つけやすい。
* 下線で文字単位の違いを表現。
* SHIFT_JIS、EUC-JP、JIS等、様々な文字コードに対応し、自動判別して開く。
* コマンドラインから開く場合はファイルの指定に正規表現が使用可能。
見た目がかわいいかも。

Meld
http://meld.sourceforge.net/
３ファイル比較できます。しかし英語。