R4のセーブデータは自動的に512KBになります。
これでは512KBを超えるゲームに対応できません。
512KB制限を解除する必要があります。
解除しないとDQ5できない。

…知らなかったorz

http://home.usay.jp/pc/etc/nds/
ここからr4customをダウンロード。