うちの新マシンでWMVを再生すると
動画が超暗くてほとんど見えません。

nVidia(というかGeForce)系のグラフィックドライバの問題か。
コンパネのNVIDIA Control Panelを開く
ビデオカラーの設定画面で、明るさとコントラストを調整。（初期状態は、0%になっているはず。）

もしビデオ（オーバーレイ）という項目が存在したら、それも疑って見るべし。

Win2000までなら、動画表示にオーバーレイを使用している可能性が高い。

……オーバーレイの設定を調整したら直ったよ…。